Semenjak bulan Januari 2010 terdapatnya lima belas protokol Konvensyen yang dibuka untuk tandatangan. Ini boleh dibahagikan menurut dua kumpunan: yang menukar mekanisme konvensyen, dan seterusnya yang meletakkan beberapa hak-hak baru sebagai menambah hak-hak dalam konvensyen. Yang pertama memerlukan ratifikasi dari semua negara anggota sebelum berkuatkuasa manakala yang kedua berkuatkuasa hanya antara negara-negara yang meratifikasikannya (lazimnya selepas beberapa negara-negara telah meratifikasikannya).

Protokol 1

Protokol ini mengandungi tiga hak berbeza yang negara-negara anggota tidak boleh meyetujui untuk diletakkan dalam Konvensyen itu sendirinya. Monaco dan Switzerland telah menandatangani protokol ini tetapi tidak pernah meratifikasikannya.[17]

Perkara 1 - hartanah

Perkara 1 mengandungi hak untuk menikmati secara aman kesemua hartanah yang dimiliki.

Perkara 2 - pendidikan

Perkara 2 memperuntukkan hak untuk tidak dinafikan daripada mendapat pendidikan dan hak untuk ibubapa mendidik anak masing-masing menurut pandangan agama dan pandangan-pandangan lain mereka. Ia tidaklah menjamin tahap atau kualiti pendidikan tertentu.[18]

Perkara 3 - pilihanraya

Perkara 3 memperuntukkan hak pilihanraya yang selalu, bebas dan adil.

Protokol 4 - pemenjaraan sivil, kebebasan pergerakan, pengusiran

Perkara 1 melarang pemenjaraan orang disebabkan pelanggaran kontrak. Perkara 2 memperuntukkan hak untuk bergerak secara bebas dalam sesuatu negara apabila tiba di negara berkenaan menurut undang-undang dan juga untuk hak meninggalkan mana jua negara. Perkara 3 melarang pengusiran rakyat dan memperuntukkan hak seseorang individu memasuki negara kewarganegaraannya. Perkara 4 melarang pengusiran secara kolektif warga asing.

Sepanyol, Turki dan United Kingdom telahpun menandatangani tetapi masih belum meratifikasi Protokol 4. Andorra, Greece dan Switzerland masih belum menandatangani mahupun meratifikasikan protokol ini.

Kegagalan United Kingdom meratifikasikan protokol ini adalah disebabkan kebimbangan interaksi antara Perkara 2 dan 3 dengan undang-undang kewarganegaraan British. Secara spesifiknya, beberapa jenis "kewarganegaraan British" (seperti Kewarganegaraan British (Seberang Laut)) tidak mempunyai hak bermastautin di United Kingdom dan tertahluk kepada kawalan imigresyen di sana. Pada tahun 2009 Kerajaan British menyatakan bahawa ia tidak akan meratifikasikan Protokol 4 disebabkan kebimbangan bahawa perkara-perkaranya boleh memberikan hak bermastautin di Britain.[19]

Protokol 6 - pembatasan hukuman mati

Mewajibkan negara-negara anggota membataskan pemakaian hukuman mati pada masa peperangan atau "ancaman peperangan".

Setiap negara-negara ahli Majlis Eropah telah menandatangani dan meratifikasi Protokol; 6, kecuali Rusia yang menandatangani tetapi tidak meratifikasi.[20]

Protokol 7 - jenayah dan keluarga

• Perkara 1 memperuntukkan hak untuk tatacara adil bagi warga asing yang hendak diusir.
• Perkara 2 memperuntukkan hak untuk merayu dalam perkara-perkara jenayah.
• Perkara 3 memperuntukkan hak pampasan gantirugi bagi mereka yang menjadi mangsa ketidakadilan.
• Perkara 4 melarang perbicaraan semula seseorang yang telahpun disabit atau digugurkan kesalahannya. (Bahaya berganda).
• Perkara 5 memperuntukkan kesamarataan antara suami dan isteri.

Meskipun telah menandatangani protokol ini lebih 20 tahun lalu, Belgium, Jerman, Belanda dan Turki tidak pernah meratifikasikannya. Sepanyol yang telah menandatangani protokol ini pada tahun 1984 meratifikasikannya pada tahun 2009 dan menjadi negara terbaru meratifikasikan protokol ini. United Kingdom tidak menandatangai mahupun meratifikasikan protokol ini.[21]

Protokol 12 - diskriminasi

Mengaplikasikan takrifan diskriminasi seperti yang wujud dalam Perkara 14 Konvensyen dengan lebih meluas merangkumi sebarang hak dan kepada tindakan-tindakan dan kewajipan-kewajipan pihak-pihak berkuasa awam.

Protokol ini berkuatkuasa pada 1 April 2005 dan sejak bulan Julai 2009 telahpun diratifikasikan 17 negara-negara ahli. Beberapa negara-negara angguta — iaitu Bulgaria, Denmark, Perancis, Lithuania, Malta, Monaco, Poland, Sweden, Switzerland dan United Kingdom — masih belum menandatangai protokol ini.[22]

Kerajaan United Kingdom enggan menandatangai Protokol 12 bersebabkan kepercayaan bahawa susunatur ayat protokol ini terlalu meluas dan akan menyebabkan kes-kes baru yang mendadak menguji keluasan provisi ini. Mereka percaya bahawa istilah "hak-hak yang dilindungi undang-undang" mungkin termasuk konvensyen-konvensyen antarabangsa yang mana UK tidak menanggotainya, dan sekaligus merangkumi instrumen-instrumen ini secara tidak langsung. Ia dicadangkan bahawa protokol ini adalah sejenis tangkapan-22 dimana Britain akan terus enggan menandatangani mahupun meratifikasi protokol ini sehingga Mahkamah Hak Asasi Manusia Eropah membincangkan maksud peruntukkan ini, manakala Mahkamah terhalang daripada melakukan sedemikian kerana negara-negara anggota terbesar Eropah — termasuk UK — enggan meratifikasikan protokol ini. Kerajaan British meskipun begitu mengakui bahawa "Konvensyen ini perlu mempunyai peruntukan menentang diskriminasi yang bediri bebas daripada cengkaman dasaran kepada hak-hak Konvensyen lain".[23] Penghakiman pertama mengenai pelanggaran Protokol No. 12 diwujudkan pada tahun 2009 — Sejdić dan Finci lwn Bosnia dan Herzegovina.

Protokol 13 - penghapusan secara menyeluruh hukuman mati

Memperuntukkan untuk penghapusan secara menyeluruh hukuman mati.[24] Kini majoriti negara-negara anggota Majlis Eropah telah meratifikasikan Protokol 13. Poland dan Armenia telah menandatangani tetapi belum meratifikasikan protokol ini, manakala Rusia dan Azerbaijan tidak menandatanganinya.[25]

Protokol-protokol tatacara dan institusi

Peruntukan-peruntukan Konvensyen ini yang berkait dengan tatacara dan institutsi-institusi telah dipinda beberapa kali melalui protokol. Pindaan-pindaan ini telah, dengan pengecualian Protokol 2, meminda teks konvensyen. Protokol 2 tidak meminda teks konvensyen secara langsung tetapi memperuntukkan bahawa ia hendaklah dianggap sebagai sebahagian daripadanya. Kesemua protoko-protokol ini memerlukan ratifikasi daripada kesemua negara-negara anggota Majlis Eropah sebelum dapat berkuatkuasa.

Protokol-protokol 2, 3, 5, 8, 9 dan 10 kini digantikan oleh Protokol 11 yang berkuatkuasa pada 1 November 1998.[26] Ia mewujudkan perubahan fundamental dalam pengoperasian konvensyen. Ia menghapuskan Suruhanjaya dan membenarkan individu-individu memohon terus kepada Mahkamah, yang diberikan bidang kuasa wajib dan megubah struktur Mahkamah berkenaan. Sebelum ini negara-negara dibenarkan meratifikasi Konvensyen ini tanpa menerima bidang kuasa Mahkamah Hak Asasi Manusia. Protokol ini juga menghapuskan fungsi-fungsi kehakiman Jawatankuasa Menteri-Menteri.

Protokol 14 juga selari dengan Protokol 11 dalam menambahbaiki keberkesanan Mahkamah. Ia bertindak sebagai "penapis" kes-kes yang berkemungkinan tidak berjaya bersama dengan kes-kes yang serupa yang pernah dibawa menentang negara anggota yang sama terlebih dahulu. Tambahan pula, suatu kes tidak boleh dimulakan sekiranya pemohon tiada "kerugian ketara". Alasan ini hanya boleh digunakan apabila peneletian permohoan berdasarkan merit-meritnya tidak diperlukan dan apabila perihal permohonan berkenaan telahpun dipertimbangkan suatu mahkamah kebangsaan.

Mekanisme baru diperkenalkan oleh Protokol 14 untuk membantu menguatkuasakan penghakiman-penghakiman oleh Jawatankuasa Menteri-Menteri. Jawatankuasa ini boleh meminta Mahkamah untuk penafsiran penghakiman dan juga boleh membawa sesebuah negara anggota di hadapan Mahkamah disebabkan ketidakpatuhan negara berkenaan terhadap penghakiman lalu yang tidak berpihak kepadanya. Protokol 14 juga membenarkan Kesatuan Eropah sebagai satu badan kendiri menyertai Konvensyen ini. Ia telahpun diratifikasikan oleh kesemua negara-negara anggota Majlis Eropah dengan Rusia sebagai peratifikasi terahkir pada bulan Februari 2010. Ia berkuatkuasa pada 1 Jun 2010.[27]